北京地区大运河不只是一条线性河道，还串联了三个自然湖泊，而且，这三个湖泊，如今都成为北京城区内的风景区。古都文化、京味文化深厚，古都风貌、皇家园林与自然景观融为一体，堪称北京城最美的风景区。
位于中心城区的什刹海，不是公园，而是都市核心区名副其实的风景区，也是北京城区唯一命名为“风景区”的景区。
在明《帝京景物略》中，赞美什刹海有“西湖春，秦淮夏，洞庭秋”的神韵。至少，明代什刹海就是北京的名胜。
什刹海是世界遗产中国大运河北京段的核心遗产点。自元代就是大运河的北端码头（也有专家认为通州才是京杭大运河的北端码头），当时南方来的漕运船只首尾相连成片遮盖在积水潭（今什刹海），不见水面，形成“舳舻蔽水”的壮丽景观。沿岸酒肆茶楼林立、商贾云集，繁盛一时。
明清时期，漕船不能驶入什刹海，皇城居民可以自由出入，成为古都皇城边上的游憩胜地。因为是京城风景胜地风水宝地，吸引一批皇室贵族在什刹海周边兴建府邸园林。至今还保留有著名的恭王府、醇亲王府（今宋庆龄故居）等王府建筑遗产。
什刹海周边还保留诸多著名老北京历史文化街区，如烟袋斜街、白米斜街等，还保留大量的老北京胡同。
什刹海水面自然融入历史街区之中，连同湖岸的垂柳和水中的荷花，成为什刹海特色景观。
天气好时，还可以在银锭桥远观西山景观，是为“燕京小八景”之“银锭观山”。
紫竹院虽称为公园，实际上最晚从清代开始就成为皇家旅游胜地，今天是一处以竹为主题的湖泊型园林景区。
紫竹院所在曾是高粱河流经之地，而高粱河（今长河）也是大运河的上游水源河流。元代这里是一片低洼的湿地，科学家郭守敬开挖运河时，在这里形成蓄水湖，为运河漕运和京城用水提供水源。
明代建有皇家庙宇。清代乾隆皇帝仿苏州城“芦苇深处”的水乡风光，在这里遍植芦苇，置太湖石造景，兴建“芦苇渡”和紫竹院行宫。后来，这里成为皇家行宫和乘船去颐和园的停歇码头。
现今，紫竹院栽有10余种竹子，共16万余株，成为以竹为主题，以竹景取胜的大型自然山水园林。
游客仍然可以像清朝皇室一样，乘“皇家游船”，从这里去颐和园。
第三个湖泊就是昆明湖，也是北京地区大运河最早最大的湖泊，是世界遗产颐和园皇家园林的重要组成部分。
昆明湖位于颐和园内，古称瓮山泊。
元代郭守敬开凿通惠河时，引西山诸泉汇集到这里为通惠河漕运提供水源。昆明湖（原瓮山泊）成为北京地区最早的水库，也是大运河北端点的水库。
元明清时期，帝王赴西山游览，这里也是必经重要水道。清代是京城用水的水源地。
清代的皇家园林颐和园是以元代瓮山泊为依托兴建的。可以说，没有昆明湖就没有颐和园。
如今，昆明湖虽是颐和园的一部分，却是颐和园的灵魂一样的水景，和万寿山一道，与皇家园林人文景观融为一体，成为一处大运河上最亮丽的山水园林风景区。
北京城既有自然湖泊风光，又有大运河文化和古都文化风貌及深厚历史内涵的风景区，唯此三处，各具特色。其中两处为世界文化遗产（组成部分）。