太医院为古代医疗机构名称。是专为上层封建统治阶级服务的医政及医疗保健组织。
太医院始设于金代，隶属于宣徽院。太医医院提点（正五品），下设使，副使，判官等，“掌诸医药，总判院事。”医院掌管一切医药事务，官员品秩普遍高于任何朝代。
医院，医院令，后改称院使。明代在北京医院，医院是最高医药管理机关，设有最高医政长官院使，下设院判。
而明、清两代医官名。医院内一般设吏目十人，其职位一般在院使（五品），院判（六品）、御医（八品）之下、医士（不入流）之上。官阶一般为从九品。
医院，院使正五品，总揽医药行政及医疗大权，清初，医院管理，医院差派、考核、升降，从而加强了统一领导。清代中央机构历史档案留存中，有一部分为皇室问疾治病的脉案和用药处方，这些医疗档案文献的最初形成者，就是当年医院。
设立于顺治元年（）医院，历经清宫十朝，一直主掌宫廷医疗之事。初设时，置院使一人，左、右院判各一人，以掌院事。后于乾隆五十八年（）又特简管理院事王大臣一人领院务。院判以下属官数额，历代多经添裁。
太医院的职掌。首先是为皇室服务。平时，院使、院判要率所属医官，各以所专之科，分组值班，次序更代，随时恭候传唤，称为“侍直”。其中在宫内值班者，称“宫值”，值于御药房及各宫外班房。在外廷值班者，称“六值”，值于外值房。
皇帝驻跸圆明园时，“宫值”者值于圆明园药房，“六值”者值于圆明园外值房。在宫里的称为“宫直”，在外廷的称为“六直”。宫直在内药房及各宫外班房侍直；六直在外直房侍直。院使、院判、御医、吏目、医士各以所业专科，分班入宫，轮流侍直。
清帝驻跸圆明园时，宫直在圆明园药房侍直，六直在圆明园外直房侍直。光绪十三年(年)议定，西苑(现中南海及北海)寿药房，医院官直宿，药库的库掌、笔帖式等，遇差传唤，干清官御药房，医院大、小方脉二科各一人直宿，以供进御。
为便于侍直，在宫内及园苑，太医院没有公所(《清文汇书》释为“出外住立处”，即休息处)。圆明园东南一亩园有公所一处，原有房八十余间，禁城内东墙下，上驷院北，南三所东，亦有一处。遗迹早巳无存。
医院按明代旧制共设十一种，即：大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科、正骨科、咽喉科、痘疹科。嘉庆二年()，将咽喉与口齿、痘疹与小方脉各合为一科，遂成九科。嘉庆六年()，将正骨科划归上驷院。道光二年()，由于认为“针刺火灸究非奉君之所宜”，从而废止针灸科。同治五年()，将原来的伤寒、妇人两科，归入大方脉，加上小方脉、外科、眼科、口齿科，共为五科。光绪朝一仍其旧，未曾有所更改。
至光绪设有，御医十三人，吏目二十六人，医士二十人，医生三十人。职官品秩原定为，院使正五品，院判正六品，御医正七品，吏目八、九品各十三人。至宣统元年（），经时任院使的张仲元疏请，晋院使以次各官品秩为，院使正四品，院判正五品，御医正六品，吏目八品改为七品，九品改为八品。职官中除管理大臣为满族官员外，其余均为汉员。但这种体制未能坚持下去，礼部管生药库，总管太监管御药房，医院的功能。清朝中晚期，医政管理较为混乱。
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